Particularmente eu acho as notificações de atualizações dos sistemas operacionais extremamente dispersivas. Não que elas não devem existir, mas, prefiro que a execução das mesmas seja feita em um momento neutro do meu trabalho.
No Gnome, eu utilizo os seguinte comandos para desligar a busca automática:
systemctl stop packagekit
systemctl disable packagekit
No momento adequado, utilizo o comando abaixo para instalar as atualizações:
dnf update