Dependendo da configuração do seu web site, algumas regras do Apache podem esconder as pastas ocultas. No processo de renovação do certificado automatizado no Virtualmin a pasta .well_know é usada. Para fazer com que tudo ocorra sem erros, coloque as seguintes regras no arquivo .htaccess:
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/.well-known/*
RewriteRule "(^|/)\." - [F]