Particularmente eu acho as notificações de atualizações dos sistemas operacionais extremamente dispersivas. Não que elas não devem existir, mas, prefiro que a execução das mesmas seja feita em um momento neutro do meu trabalho.

No Gnome, eu utilizo os seguinte comandos para desligar a busca automática:

systemctl stop packagekit

systemctl disable packagekit

No momento adequado, utilizo o comando abaixo para instalar as atualizações:

dnf update

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